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海市蜃樓或活血靈丹-反思OTT對台灣電視劇產業的影響

為了解決line訊息顯示不出來2022的問題，作者陳迺云 這樣論述：

台灣的電視產業過去被形容成奄奄一息的重症病患，NCC主委喊出OTT將成為電視產業的救命良藥，本論文基於此觀點，透過Raymond Williams的科技與社會之理論，輔以文獻查證和深度訪談，重新反思何謂OTT、過去電視產業及電視劇產業面臨的困境、及OTT帶給電視劇產業的影響。研究結果顯示，過去電視產業面臨的困境，多與資本主義和社會脈絡的國家機器有關，像是電視節目為廣告而生、資本壟斷影響內容、公廣媒體無法脫離商業邏輯、政府政策不明等，而OTT興起後，注入新的資本、改變閱聽人觀影習慣、引入新的商業及產製模式、改變節目展演模式，同時也塑成新的資本戰場和法規考量。OTT雖然讓產業的困境有些鬆動，但冰

凍三尺非一日之寒，脈絡下的困境與整個產業生態有關，因此OTT是否能成為救命良藥，尚需看未來整個電視產業的政策方針、產業鏈生態走向、及電視產業的社會變遷而定。

高序生物巨分子的動態及功能解析：以穿膜蛋白，核醣體及蛋白-DNA複合體為例

為了解決line訊息顯示不出來2022的問題，作者陳偉順 這樣論述：

高效精確的生物代謝過程必須依賴多種生物分子包含蛋白質、DNA和RNA等的相互協作。而這些生物分子通常需要形成高序複合體(higher-order complexes)或稱生物巨分子(biomacromolecules)才能完整的執行其功能。要了解生物巨分子作用機制的第一步就是揭示它們的高序結構，但現今結構分析技術（如X-ray 晶體繞射、NMR、cryo-EM）解析這些巨大的多聚體分子結構仍然是一大挑戰，尤其是那些在膜中的多聚體(oligomer)。為了解決這個技術難題，許多以統計方法或物理生物化學為基礎的巨分子組裝算法被開發並應用於整合各種實驗結果來建構複雜的生物巨分子結構。穿膜蛋白是其中

一類相當重要的生物巨分子，它們參與了細胞訊息傳遞(cell signaling, transport)、運送膜內外的各種物質、維持膜內電位(electrochemical gradient)。從RCSB PDB中穿膜蛋白的統計資料發現有約66%的α-螺旋穿膜蛋白(α-helical transmembrane)是屬於同源多聚體的穿膜蛋白(homo-oligomeric transmembrane proteins, HoTPs)且這些HoTPs有約92%是環狀對稱(cyclic symmetric或Cn symmetric)。我們利用HoTPs環狀對稱與立體結構限制這兩個特性，分別開發兩個結構

篩選器SIP (Symmetry-Imposed Packing)及DR (distance-restraints)，用於移除在分子對接結果中不符合前述條件的對接模型(docking poses)。SIP主要是比較同源二聚體(dimer)對接模型與由此對接模型推測的理想Cn對稱多聚體的差異作為篩選依據。這個理想Cn對稱多聚體推測過程不需要事先知道形成多聚體所需的單體個數(n)。僅使用SIP的狀況下，在7個HoTPs單體結構的對接結果中，有71%的可以在前10個對接模型中找到近似自然結構的模型(near-native poses)；以31個HoTP的同源建模結構(homology modeled

structure)為基礎的對接結果，則有29%符合上述結果。而相同的對接結果但未經SIP處理前，分別只有14%及3%。當SIP再加上多聚體單體個數(n)給定時，近似自然結構出現在對接結果的前10個模型中在測試集佔有高達76%；比起SIP，其他算法如M-ZDOCK及Sam在相同條件下，分別僅有55%與47%。我們將3個已知部分殘基之間距離HoTPs的對接結果以DR及SIP處理後，發現3個HoTPs的近似自然結構在54,000個對接模型中皆被排名在第一名；而僅使用SIP處理，近似自然結構的排名分別是第一、一和十。我們將DR單獨用於一個有殘基距離資訊的水溶性蛋白(soluble protein)

，其近似自然結構也出現在第一名。我們分別研究了AtPht1;1 (transmembrane phosphate transporter)與H+-VrPPase (Vigna radiata pyrophosphatase) 兩個穿膜蛋白的分子運作機制。 AtPht1;1為利用質子(proton)濃度梯度將磷酸(phosphate)及氫離子從細胞膜外運送至膜內的共同轉運蛋白(symporter)。我們主要以磷酸結合inward-occluded態的AtPht1;1同源結構建模，研究可質子化殘基的質子化態(protonation state)如何誘導已結合於催化位磷酸的釋放。為了重現質子濃度梯度

，AtPht1;1的可質子化殘基被區分為曝露於胞外及胞內，並分別以pH 4及pH 7質子化。在本研究中，我們依據PROPKA預測的pKa來指定殘基的質子化態。藉由觀察AtPht1;1的分子動力模擬(molecular dynamics simulations)中可質子化殘基pKa的變化，發現當ASP38 and ASP308的去質子化會導致催化位磷酸釋出。H+-VrPPase以焦磷酸水解(hydrolysis)所釋出的能量為動力，可以抵抗濃度梯度運送質子穿過細胞膜。先前研究指出在高解析度的H+-VrPPase X-ray結構中，有一個直接與配體接觸的水分子參與焦磷酸水解過程，他們稱該分子為「親

核性水分子」(nucleophilic water)。我們建立將H+-VrPPase鑲嵌於雙層POPC膜(POPC lipid bilayer)的全原子模型，並把X-ray解出的水分子放入相對應位置後進行模擬。然而我們發現原本「親核性水分子」很快地被附近的鉀離子取代，由此現象推測該位置適合帶正電的離子而非極性分子(如：水分子)。在這個位置附近有兩個帶負電的Asp殘基可以幫助穩定該位置上的鉀離子，而原本「親核性水分子」很可能是帶正電的H3O+ (hydronium ion)。我們進一步將原分子模擬系統的該水分子置換成H3O+後，在整個模擬過程中，該H3O+穩定存在此位置。蛋白-DNA/RNA複

合體(protein-DNA complex)負責起始及調控生物中心教條(轉錄transcription與轉譯translation)，對於生物的重要程度不亞於膜蛋白。我們發現蛋白-DNA結合的方位與蛋白質自身固有動態(intrinsic dynamics)有高度相關。因此我們基於蛋白質最慢的運動模式(slowest dynamics)建構了一個「動態域平面」(dynamics domain interfaces)，可將蛋白質分離成兩群運動方向相反的殘基群。從104個蛋白-DNA複合體的統計結果顯示有97%的DNA被其蛋白質的動態域平面切過。將該動態域平面運用於篩選DNA與DNA結合蛋白的剛體

對接(rigid-body docking)的結果，比起使用隨機平面或立體互補性做篩選，近似自然結構的豐富度分別提升2.5倍及1.6倍之多。這個結果闡述了蛋白質的動態限制了蛋白質與DNA的結合方位(orientation)進而提高結合位(binding site)的搜尋精確度。生物巨分子執行其功能時的構型動態(conformational dynamics)可以從結構被解析出來。分子動力模擬(molecular dynamics simulation, MD)是一個相當有力的理論工具來評估蛋白質的運動大小時間。但由於分子動力模擬非常消耗運算資源及時間，故本研究將計算成本低廉的彈力網路模型(el

astic network model, ENM)轉換為估量分子運動時間及運動大小的工具並將其應用於核糖體(ribosome)上。我們從分子模擬的軌跡分析了沿著主成分(principal components, PCs)的非諧波運動，接著以準諧波分析(Quasi-harmonic analysis)與WKT (Wiener–Khintchine theorem)評估每個PC運動模式的強度加權週期(Intensity-Weighted Period, IWP)，該週期即為本研究所定義的「週期t」。此「週期」的時間尺度與核磁共振(NMR)的order parameters相符。我們把每個PC運動模

式的IWP與振動大小(fluctuation size)利用振動曲線映射法(fluctuation-profile mapping, FPM)對應到ENM的每個運動模式。我們發現ENM運動模式的特徵值(eigenvalues, λENM)可以透過利用冪定律(power law)轉換成振動週期及大小。最後我們分別得到用於評估蛋白質運動時間尺度及運動大小的兩個方程式t(ns) = 56.1λENM-1.6和σ2(Å2) = 32.7λENM-3.0。該方程式能推廣應用於評估NMR構型(NMR-resolved conformers)、X-Ray晶體繞射的ADP profile(anisotrop

ic displacement parameters)與核糖體功能性運動的時間及大小。