2015年迄今，蔡總統的博士學位與論文的「真實性」卻屢遭各方質疑。8月29日，台大法律系榮譽教授賀德芬舉行記者會，公布另一位旅美學者林環牆的調查報告，再度指稱蔡總統並沒有在1984年通過論文口試，並沒有取得LSE的博士學位。而且LSE與倫敦大學（University of London）有人企圖掩飾真相、掩護蔡總統。
2019年9月4日，「總統府發言人」臉書專頁公布由倫敦政治經濟學院（簡稱倫敦政經學院，LSE）提供的蔡英文總統的學生紀錄表、論文考試通過通知書、1984年3月製發的畢業證書影本，以及國立政治大學1984年蔡總統申請教職的人事資料。
林環牆認為這本「傳說中的」學位論文，無論紙本、數位電子檔，或圖書收藏資料，35年來（1984年迄今）都不存在。經他引用英國《資訊自由法》（The Freedom Information Act）要求，LSE資訊與紀錄處（Information and Records）以電子郵件告知，蔡總統直到今年(2019)6月28日才將這份「傳說中的論文」提繳給LSE圖書館；約兩個星期的7月13日，這本論文也才進入LSE圖書館的數位檢索系統。

今年(2019)8月5日，林環牆飛抵倫敦，檢視與閱讀蔡總統送到LSE圖書館的論文，發現它應是由另一本論文影印下每一頁，經電子傳真送到LSE，然後在當地新裝訂成冊，每一頁的邊緣或角落有非常明顯的黑色陰影。此外，論文封面與背面是黑色硬紙板，與當年藍色硬紙板論文的顏色不同。

林環牆還發現，論文「致謝」（Acknowledge）那一頁很可能是重新打字。因為論文每一頁的邊緣或角落有非常明顯的黑色陰影，但只有最前面兩頁完全看不到黑影；第一頁是論文的題目（Title），第二頁就是致謝。

他並舉出幾點博士學位論文不應存在的疏漏：論文有不少英文打印錯誤，雖然書寫更正，但沒有重新打字；論文的附註都以星號（*）加上阿拉伯數字表示，而且附註打字時都未上提，是很簡陋、不專業的處理方式；論文有些章節段落名稱與目錄並不一致，最離譜的是，第一章竟連續遺漏6頁，第5至10頁都不見蹤影。

因此林環牆研判，這本論文應該只是「口試用初稿」，不是為完成博士學位而送交校方圖書館典藏的最後定稿論文。蔡總統當年在LSE的身分頂多是「已完成論文，但未通過論文口試」的博士侯選人。
LSE博士侯選人在通過論文口試之後，必須提繳最後定稿的論文至倫敦大學的Senate House Library。林環牆指出，LSE在1983年至1984年有107位畢業生，其中1位柯麗希（Pauline Francis Creasey）的博士學位後來被註銷，其他106位畢業生在Senate House Library的圖書搜索系統都有完整論文收藏紀錄，只有1位例外──蔡總統。(資料來源風傳媒)
最近接連有兩名博士親赴倫敦政經學院查閱蔡英文當年的論文，一位是美國北卡羅來納大學台裔經濟系教授林環牆，一位是旅居牛津的經濟史博士徐永泰。兩人均發現，蔡英文留存該校的論文有裝釘太新、缺頁、留有許多手改痕跡等不尋常情況，且借閱規定極為嚴苛，迥異於一般論文的公開透明。儘管蔡英文已對質疑此事的林環牆教授和台大教授賀德芬提出告訴，但論文疑雲越捲越大，已讓倫敦政經學院窮於解釋。蔡英文若無法一一澄清，將使民眾對其誠信留下問號。

綜括外界所提出的種種質疑，蔡英文的博士論文至少有五大疑點亟待釐清。第一，取得博士的期程奇短：根據蔡英文提供的學生紀錄，她於1980到82年間在倫敦政經學院修習法學碩士；然後，自1982年到84年短短兩年即取得該校博士學位，這較一般文法科系的博士修習年限短了許多，除非她念的不是正規學程。以馬英九為例，其哈佛博士學位花了五年時間取得，比較像正常的修習年限。

第二，這本一度遍尋不獲的論文為何直至近期才補交：倫敦政經學院圖書館目前存有的蔡英文博士論文，是今年6月28日提交，因此裝訂極新；且直到7月13日，論文才進入該圖書館的數位檢索系統。可能的原因是，蔡英文博士論文「失蹤」的問題在今年6月遭獨派名嘴質疑，她因而緊急委人向校方提送論文；由於並非原件，才會每頁均殘留明顯的傳真或攝影之陰影，甚至第一章的五到十頁均告缺頁。為什麼35年後，出現一本不是35年前原版的論文？

第三，何以指導教授的名字諱莫如深：蔡英文的指導教授之一為Micheal Elliott，另兩名指導者則因不明原因不准公開，這是極令人難以理解的事。Micheal Elliott畢業於牛津大學，有無博士學位不詳，但在倫敦政經學院任教期間也只是一名年僅卅多歲的講師，為何能在短短期間指導蔡英文寫完論文？尤其，在蔡英文畢業之同年，他即離開教職，到《經濟學人》雜誌去擔任新聞記者。遺憾的是，他已於2016年因病去世，無法再為蔡英文的博士學位作證。

第四，蔡英文的論文為何充滿手改痕跡並缺頁：博士論文通常有嚴格的內容及格式規範，且需呈交數份正式版本供校方及教授留存，否則不會被校方接受。但是，蔡英文新近提交給倫敦政經學院的論文，卻充滿手改痕跡、錯誤拼字及頁數缺損。難道說，當年通過口試後遲未交出的論文，在畢業35年後，仍未完成正式版本的校訂？

第五，蔡英文回國後先後在政大及東吳任教，兩校難道都未留存其論文和畢業證書影本：蔡英文返國後進入政大法律系任教6年，後轉任東吳大學，依理都應該要提交論文及畢業證書供校系審查。這兩校只要翻閱一下檔案庫，即不難找出其博士論文，供各界釋疑；但為何各方要千里迢迢赴英國尋找真相？此外，根據本報聯合知識庫的資料，蔡英文在1983年10月20日刊在聯合報二版的《從我彩視機輸美談反傾銷稅》文章，署名為「倫敦政經學院國際經濟法博士」，這比她正式取得博士又早了近半年。(聯合報社論)
總統府兩位發言人黃重諺及張惇涵2019.9.23與三位律師舉行記者會，府方也搬出35年前的論文，說明目前在倫敦政經學院（LSE）存放的論文有缺六頁是因為翻印有疏漏，相關查找可以看到完整頁次，今天也提供給媒體參考。
口試委員是否需要簽名，張惇涵說，全世界不同國家不同系所有不同作法，LSE的做法是不需要口委簽名，查證過同期許多論文也沒有口委簽名。他也說，蔡總統的論文是當場通過，教授沒有要求修改，當年沒有word，手改很正常。
黃重諺先說明三點結論，第一，為鼓勵學術相關研究，蔡總統決定授權國家圖書館，將她的論文公開閱覽。第二，向校方取得當年學生資料，可以證明嚴謹過程取得博士學位。第三，蔡總統取得學位證書相關過程，包括政大、教育部、中選會，這麼長的時間以來都經過各階段嚴謹驗證，所以沒有問題。
黃重諺也說明兩個基本觀念，他表示，確認一個人是否從某個學校取得學歷，方法就是向授與學歷的學校查詢，校方官網有相關資訊，大部分學校規定都一樣，每一位博士生都必須繳交論文，前述這些也證明這些過程。
黃重諺也說，畢業生論文保存是校方事務，至於蔡總統的1984年倫敦大學學位證書影本，政大、教育部、倫敦大學都有保存。
黃也解釋，現場提供的原稿為什麼沒有裝訂，因為只能用影印的，至於寄給LSE的論文還缺六頁，是因為翻印有疏漏，相關查找可以看到完整頁次，今天也提供。